متاسفانه در سال 1359 بدلیل بمباران‌های ناشی از جنگ تحمیلی عراق، موزه تعطیل و اشیای آن به مراكز ديگر انتقال داده شد. موزه در اسفند 1380 توسط پایگاه میراث جهانی چغازنبیل و هفت‌تپه مجدداً بازگشایی و ساماندهی گردید. بخش نمایشی آن اشیای تاریخی و بخش پژوهشی، نتیجه مطالعات و تحقیقات کارشناسان پایگاه را در بر می گرفت. این موزه در ابتدا دارای 6 سالن بوده است اما به دلیل حجم بالای اشیا که در کاوش‌های بعدی به دست آمده بود، خصوصاً کتیبه‌ها و نبود مکانی برای نگهداری آنها، در سال 1384 سه سالن از موزه که به حیاط مرکزی منتهی می شوند جدا شده و به عنوان مخزن و تالار کتیبه‌ها مورد بهره برداری قرار گرفت. ساختمان موزه هفت تپه در 21 ارديبهشت 1365 همراه با محوطه تاريخي هفت تپه با شماره 1717 در فهرست آثار ملي ثبت شد.